Filho de D. Afonso V, subiu ao trono em 1481, sendo certo que exercia já há alguns anos o poder de facto. Com efeito, as frequentes ausências do reino, por parte de D. Afonso V, põem-lhe nas mãos o governo do país. 

Desde 1474 que dirigia a política atlântica, devendo-se à sua visão de governante, apesar de não ter ainda vinte anos, a instituição do mare clausum, princípio que estabelecia que o domínio dos mares estava ligado ao seu descobrimento. Na linha dessa política surge o tratado de Toledo de 1480, em que D. João II aceitando a partilha das terras do Atlântico pelo paralelo das Canárias, afasta a concorrência da Espanha em África e protege a mais tarde chamada rota do Cabo. Durante o seu reinado toda a costa ocidental da África foi navegada, dobrou-se o Cabo da Boa Esperança e preparou-se por terra com as viagens de Pêro da Covilhã e Afonso de Paiva, a viagem de Vasco da Gama à índia, a que o monarca já não assistiria. Em 1494, assina-se o tratado de Tordesilhas, dividindo-se a terra em duas zonas de influência, a atribuir a Portugal e à Espanha. Dentro da zona de influência portuguesa ficava o Brasil, o que permite supor que o monarca tinha conhecimento da existência dessas terras. 

No plano interno, a acção de João II orientou-se no sentido da centralização e fortalecimento do poder real, tendo reprimido duramente as conjuras dos nobres e abatido o poder das grandes casas do reino. De 1481 a 1485, são mortos ou presos D. Fernando, duque de Bragança, D. Diogo, duque de Viseu, D. Gutierres Coutinho, D. Pedro de Ataíde, Isaac Abravanel, D. Afonso, conde de Faro, D. Fernão da Silveira, Diogo Lourenço, Afonso Vaz, D. Álvaro, filho do duque de Bragança, Aires Pinto, bacharel João Afonso e José Abravanel. Tinha em grande conta a opinião dos povos, mas o seu conceito da autoridade real leva-o a só reunir cortes quatro vezes, durante o seu reinado. Quanto às relações externas, a sua actividade foi no sentido de criar laços de concórdia com os vários reinos, talvez com o intuito de se libertar de problemas que pusessem em dificuldades a política de expansão ultramarina. Alimentou o sonho de uma futura «monarquia ibérica», tendo conseguido contratar o casamento de seu filho D. Afonso com a primogénita dos reis católicos. A morte do infante veio, no entanto, deitar por terra estes planos. Manteve uma actividade diplomática intensa com vários países europeus, sendo de destacar a embaixada de Vasco de Lucena, enviada a Roma em 1485. 

A última fase do reinado de D. João II está marcada pelo problema da sucessão do trono. Com a morte do infante D. Afonso, procura o rei habilitar ao trono o bastardo D. Jorge. No seu testamento, todavia, nomeia seu sucessor D. Manuel, irmão da rainha. Morre no Algarve em 1495, aceitando alguns historiadores a hipótese de ter sido envenenado.

Ficha genealógica:

D. João II nasceu em Lisboa, a 3 de março de 1455 e faleceu em Alvor, a 25 de outubro de 1495; enterrado na sé de Silves e transladado em 1499 para o Mosteiro da Batalha.

Casou em Janeiro de 1471 com sua prima co‑irmã D. Leonor, que nasceu em Beja, a 2 de maio de 1458, tendo morrido em Lisboa, a 17 de novembro de 1525, sendo sepultada no Mosteiro da Madre de Deus, em Xabregas, filha do infante D. Fernando, duque de Viseu, e de sua mulher D. Beatriz. Deste consórcio nasceu:

1. D. Afonso (n. em Lisboa, a 18 de maio de 1475; f. na Ribeira de Santarém, de um acidente de cavalo, a 13 de julho de 1491). Casou em 3 de novembro de 1490, em Estremoz, com D. Isabel (n. em Duenas, a 2 de outubro de 1470; f. em Saragoça, a 28 de agosto de 1498), filha dos reis católicos, e que viria mais tarde a ser rainha de Portugal pelo seu casamento com D. Manuel, celebrado em Valência de Alcântara, em 1497.

D. João II teve um filho bastardo de D. Ana de Mendonça, filha de D. Nuno de Mendonça, aposentador-mor de D. Afonso V, e que foi dama da princesa D. Joana, a Beltraneja;

2. D. Jorge de Lencastre (n. em Abrantes, a 21 de agosto de 1481; f. no castelo de Palmela, a 22 de julho de 1550). Seu pai fez tudo para lhe alcançar o trono, entre 1491 e 1494, concedendo-lhe os mestrados de Santiago e de Avis e dando-lhe o ducado de Coimbra e o senhorio de Montemor-o-Velho. Casou em 1500 com D. Beatriz de Vilhena, filha de D. Álvaro, irmão do 3 ° duque de Bragança, e de sua mulher D. Filipa de Melo.

Joaquim Veríssimo Serrão,
História de Portugal, Volume I: Estado, Pátria e Nação (1080-1415),
2.ª ed., Lisboa, Verbo, 1978.