O cargo de alferes-mor é antiquíssimo em Portugal. Nos primeiros tempos da monarquia tinha larguíssimas atribuições; era verdadeiramente abaixo do rei, o comandante em chefe do exército. O conde D. Henrique, pai do primeiro rei português, tinha por alferes-mor D. Fafes Luz, que veio com ele a Portugal e o acompanhou em todas as batalhas. D. Afonso Henriques concedeu esse cargo a um cavaleiro chamado Pedro Pais, que pode dizer-se o primeiro, depois de Portugal se tornar independente; parece, porém, que o primeiro nome de alferes-mor que aparece em documento escrito é o de Pelágio Soares. Havia também alferes-mor dos infantes e dos mestrados das ordens de cavalaria, sendo todos da principal nobreza do reino. O último foi Vasco Fernandes César de Meneses, conde de Sabugosa, vice-rei da Índia e do Brasil. hoje é apenas um título honorífico, que, figura nas cerimónias solenes, e um dos oficiais-mores da Coroa. Quando no exército existia o posto de porta-bandeira, os alferes nem sequer empunhavam as bandeiras do regimento; depois que foi suprimido aquele posto, a bandeira é confiada ao alferes mais moderno. 

Na Nobiliarquia portuguesa, de António de Vilas Boas e Sampaio, publicada em 1676, lê-se o seguinte: "O livro do rei D. Dinis, no título de Alferes-mor, diz o que se segue: 'Os Gregos e Romanos foram homens que usaram muito da guerra; enquanto o fizeram com siso e entendimento venceram e acabaram o que quiseram; e eles, foram os primeiros, que fizeram como fossem conhecidos os grandes senhores nas Cortes dos Príncipes, e nas batalhas, e nos outros feitos de guerra, e façanha. Confirmando eles como em semelhantes feitos as gentes, e povos se acautelassem bem, por guardarem principalmente os serviços de seus senhores, tendo muito por honra assinada, chamaram os que trazem as Sinas principais dos Imperadores e dos Reis, Signifer, que quer tanto dizer, como oficial, que leva a primeira sina, do principal senhor da hoste. Chamaram ainda Preposito, que quer tanto dizer como adiantado sobre as outras companhias da hoste; e isto, porque em aquele tempo, ele lhe julgava os grandes feitos, que aconteceram em elas. Estes nomes usaram em Espanha até que se perdeu a terra e a tomaram os inimigos Mouros, e depois que a alcançaram os cristãos, chamaram a este ofício Alfezes, e assim o há hoje nome'. Chamavam os antigos à bandeira real Sina, porque nela ia o sinal que havia de seguir os soldados do exército, ou nas armas do reino, ou no retrato do príncipe ou n outra qualquer empresa ou divisa, de que usasse; razão, porque Lucano, na Pharsalia, liber I estranhava a confusão das armas de Roma, nas guerras civis, entre César e Pompeu, sendo de uma e da outra parte a mesma Águia a que assinalava as bandeiras". 

Mais tarde tornou-se este título simplesmente honorífico, como o de condestável e de mariscal. Tempos depois parece que houve dois alferes-mor, de ocupações distintas; um, como fica dito, levava o guião real nas batalhas; o outro era alferes-mor do reino, tanto na paz como na guerra, devia levar a bandeira real nas cortes e juramento de príncipes, o que ainda hoje se observa. Parece também que os dois cargos estiveram reunidos.