Tem este infatigável escritor uma tão vasta produção literária, disseminada por uma quantidade verdadeiramente assombrosa de publicações, que se torna impossível fazer-lhe a bibliografia completa. Deixando portanto a enumeração minuciosa de todas as suas espécies bibliográficas para alguma publicação especial que se lhe dedique, indicaremos apenas as principais obras publicadas:

Folhas verdes, Ponta Delgada, 1859, com um prólogo do venerando jornalista insulano sr. Francisco Maria Supico, acerca da história da poesia nos Açores. No Porto, em 1869, saiu uma Segunda edição correta e aumentada, compreendendo um poema heroi-cómico intitulado Graves nadas, continuação do Hissope. Stella matutina, poema bíblico, Porto, 1863. Visão dos tempos – Antiguidade homérica, Harpa de Israel, Rosa mística., Porto, 1864, com o retrato do autor. Fizeram-se deste livro, seguidamente, várias contrafeições brasileiras. Segunda edição, correta e aumentada, Porto, 1868, com mais os poemetos Estrela dos Magos e Fim de Satã. Tempestades sonoras. Segunda série da “Visão dos tempos”. Porto, 1864. Acerca destes poemas há numerosas criticas elogiosas subscritas pelos nomes de Antero de Quental, Pinheiro Chagas, Belfort Duarte, Camilo, Oliveira Martins, Luciano Cordeiro, Leonel Sampaio, Adolfo Coelho, etc. Alguns destes escritores subscreveram outras críticas atacando os estudos históricos do sr. Teófilo Braga. Destacam-se Camilo, Antero, Fernandes Costa, Pinheiro Chagas, Cunha Seixas, Adolfo Coelho, Silva Pinto, etc. Entre os apologistas da grande obra do sábio professor contam-se Moniz Barreto, Ramalho Ortigão, Reis Dâmaso. Cândido de Figueiredo, Teixeira Bastos, etc. 

Poesia do direito, I. Génese da simbólica do direito universal II. Origens poéticas do direito português, Porto, 1865. Contos fantásticos, com uma carta do editor sobre a origem e forma literária dos contos, Lisboa, 1865. Segunda edição, com um preliminar, Lisboa, 1895. Teocracias literárias, Lisboa, 1865, pertencendo à controvérsia literária denominada Bom senso e bom gosto. A Ondina do Lago, poema de cavalaria, com uma introdução acerca da poesia da história nos ciclos cavalheirescos, Porto, 1866. Obras primas de Chateaubriand, Atala, Renato, Aventuras do derradeiro Abencerrage, com um estudo do tradutor acerca do caracter literário de Chateaubriand, Coimbra, 1867. Historia do direito português, os forais (dissertação inaugural para o ato de conclusões magnas na faculdade de Direito da Universidade de Coimbra), Coimbra, 1867. Gaia, de João Vaz segundo a edição de 1630, com um estudo sobre a transformação do romance popular, Coimbra, 1868. Características dos atos comerciais (dissertação para o concurso das cadeiras de comércio e economia politica da Academia Politécnica), Porto, 1878. Theses ex Universo Jure selectae, etc. Teses escolhidas de Direito as quais, sob a presidência do ill.^mo e ex.^mo sr. dr. Adrião Pereira Forjaz de Sampaio, se propõe sustentar no seu ato de conclusões magnas, etc. Coimbra, 1868. Escavações bibliográficas, Porto, 1868; História da poesia moderna em Portugal, carta a J. M. Nogueira Lima, Porto, 1869. Torrentes últimos versos, Porto, 1869. Obras primas de Balzac: A duquesa de Langeais, A missa do ateu, Uma paixão no deserto (com uma introdução acerca das obras de Balzac e um estudo sobre o plano da comedia humana), Porto. 1869. História da poesia popular portuguesa, 1867. Cancioneiro popular, coligido da tradição oral, Coimbra, 1867. Romanceiro geral coligido da tradição, Coimbra, 1867. Cantos populares do arquipélago açoriano, Porto, 1869. Floresta de vários romances, com forma literária, Porto, 1869. Estudos da idade-média: filosofia da literatura, Porto, 1870. Espírito do direito civil moderno, direito subsidiário, propriedade contratos (dissertação para o concurso do lugar de lente substituto de Direito da Universidade de Coimbra), Obras de Cristóvão Falcão, Porto, 1871. Teoria da história da literatura portuguesa, dissertação para o concurso da terceira cadeira (Literaturas modernas da Europa e especialmente a literatura portuguesa) do Curso Superior de Letras, Porto, 1872. Segunda edição como introdução ao Tesouro da Língua Portuguesa de frei Domingos Vieira, Porto, 1873. Terceira edição, Porto, 1871. Sobre a origem portuguesa do Amadis de Gaula, Imola, 1873; estudo mais desenvolvido e comprovado nas Questões de Literatura; Gramática portuguesa elementar, 1876. Michelet conferencia histórico-literária Lisboa, 1877. Introdução à história da literatura portuguesa, Lisboa, 1870. Epopeia da raça moçárabe, Lisboa, 1871. Trovadores galaico-portugueses, Lisboa, 1871. Poetas palacianos do século XV, Lisboa, 1871. Bocage e sua vida e época literária, Lisboa, 1876. História do teatro português, Lisboa, 1870-1871, compreendendo quatro tomos: I – Vida de Gil Vicente, século XVI, II - A comédia clássica e as tragicomédias, séculos XVI e XVll; III - A baixa comédia e a ópera, século XVIII; IV - Garrett e os dramas românticos, século XIX. Bernardim Ribeiro e os bucolistas, Lisboa, 1872. Os críticos da história da literatura portuguesa, exame das afirmações dos srs. Oliveira Martins, Antero do Quental e Pinheiro Chagas, Lisboa, 1872. Amadis de Gaula, Lisboa, 1873. História de Camões, 3 tomos, Lisboa, 1873-1875; Manual da história da literatura portuguesa, Lisboa, 1875; O cancioneiro português e as suas relações com os outros cancioneiros dos séculos XIII e XIV, separata da revista alemã Zeitschrifte fur romanische litteratur, vol. l. Voltaire, conferência pública para celebrar o primeiro centenário de Voltaire no Grémio operário de Lisboa, em 30 de maio de 1878, Porto, 1879; mais tarde incluída no volume dos centenários. Antologia portuguesa, trechos seletos coordenados sobre a classificação dos géneros literários e precedidos de uma poética histórica portuguesa, Porto, 1876; Parnaso Português, Lisboa, 1877; Traços gerais de filosofia positiva, comprovados pelas descobertas científicas modernas, Lisboa, 1877. História universal, esboço de sociologia descritiva: prolegómenos, etc. Lisboa, 1878. Soluções positivas da política portuguesa, Lisboa, 1879. Historia das ideias republicanas em Portugal, Lisboa, 1880. Bibliografia camoniana, Lisboa, 1880. Ciência das religiões origens poéticas do Cristianismo, Porto, 1880. História do romantismo em Portugal, ideia geral do romantismo: Garrett, Herculano, Castilho, Lisboa, 1880, dois tomos. Pequenos escritos, questões de literatura e arte portuguesa, Lisboa, 1881. Historia universal, as civilizações cosmopolitas propagadoras das civilizações isoladas, hegemonia das raças semíticas; fenícios, hebreus e árabes; Lisboa, 1881; Contos tradicionais do povo português, com um estudo sobre a novelística geral e notas comparativas, Lisboa, 2 tomos. Miragens seculares, Porto, 1884. Os centenários como síntese afetiva nas sociedades modernas, Porto, 1881. Sistema de sociologia, Lisboa, 1881. Camões e o sentimento nacional, Porto, 1891. Centenário do descobrimento da América, 1892. As lendas cristãs, Porto, 1893. Dom Francisco de Lemos e a reforma da Universidade de Coimbra, Lisboa, 1894. Pátria portuguesa, o território e a raça, Porto, 1894. Sá de Miranda, Porto, 1897. Bernardim Ribeiro e o bucolismo, Porto, 1897. Filinto Elísio e os dissidentes da Arcádia, Porto. Modernas ideias da literatura, Porto. Introdução e teoria da história da literatura, Porto. Escola de Gil Vicente, Porto. Gil Vicente, Porto. A Arcádia Lusitana, Porto. Proposta para a impressão dos Cancioneiros trovadorescos portugueses, Lisboa, 1898. Memórias para a vida íntima de José Agostinho de Macedo, por Inocêncio Francisco da Silva ampliada quanto a Documentos e Bibliografia, Lisboa, 1898. Obras inéditas do mesmo autor com uma prefação, Lisboa, 1900. Censuras a diversas obras, com um estudo sobre a censura literária, Lisboa, 1901. História da Universidade de Coimbra nas suas relações com a instrução pública portuguesa, tomo I, Lisboa, 1892; tomo II, Lisboa, 1894; tomo III, Lisboa, 1898; tomo IV, Lisboa, 1902. Viriato, Porto, 1904.