Voltando a Portugal, e conseguindo entrar no Porto, que estava sofrendo um rigoroso cerco, cingiu logo, e à pressa, a espada de oficial do batalhão nacional provisório de Santo Ovídio. Foi então que se acentuou a sua vida revolucionária, mostrando toda a bravura e intrepidez. Levantou-se o cerco, e estabelecendo-se o regime constitucional, elegeu-se a primeira câmara municipal do Porto, e para seu presidente foi eleito José da Silva Passos. Nessa qualidade resistiu energicamente à lei de indemnizações de 15 de agosto de 1833, que seu irmão depois combateu na câmara. Um e outro defendiam assim generosamente a causa dos vencidos, e levantavam bem alto a bandeira da verdadeira liberdade. Corria o ano de 1834; a efervescência dos partidos proclamava os seus eleitos para as cortes que iam inaugurar, à luz dos novos princípios, a representação nacional. José de Passos não podia deixar de ser dos primeiros entre os escolhidos, e a província do Douro o elegeu. Tomando assento na câmara ao lado de seu irmão, falaram ambos pela mesma voz contra a regência de D. Pedro, e protestaram com a mesma palavra generosa contra as indemnizações que humilhavam a causa vencida. Reeleito na legislatura seguinte, aderiu à revolução de Setembro; profundamente conhecedor dos negócios de administração, deu um contingente valioso para a redacção do código administrativo de 31 de dezembro de 1834, de que foi o principal autor. 

Voltando à câmara fazendo parte das cortes constituintes, e nomeado membro da comissão da lei eleitoral, cooperou eficazmente para a constituição de 20 de Março e para a lei das eleições directas de 9 de abril do ano de 1838. Decididamente empenhado em contribuir com toda a sua esclarecida actividade para o engrandecimento da causa publica, exerceu os cargos de subsecretário de Estado dos Negócios da Fazenda, quando seu irmão era ministro, e de subinspetor do Tesouro, sem que por esse ou outro cargo aceitasse retribuição, como jamais a aceitou em troca dos relevantes serviços que prestou ao país. Depois de seu irmão ter saído do poder, foi José Passos muitas vezes convidado para fazer parte de novos ministérios que se organizaram, o que ele recusou sempre, apesar das instâncias da própria rainha D. Maria II. Sublevadas em 1837 as províncias do norte pelos dois marechais, Saldanha e Terceira, o governo nomeou José Passos e o visconde de Sá da Bandeira, para a difícil missão de irem restabelecera ordem. José Passos encarregou-se da parte financeira da missão, com que o serviço público muito lucrou. Depois da queda da constituição de 1838, e da restauração da Carta em 27 de janeiro de 1842, José Passos, que era verdadeiramente odiado pelos cartistas por causa da sua infatigável actividade e dos serviços que prestara à revolução de Setembro, foi espancado e arrastado pelas ruas. Suspensas as garantias em 1844, José Passos foi preso duas vezes sem haver motivos para isso, porque não só não entrara em conspirações, mas até reprovava publicamente as revoltas, enquanto fosse possível recorrer aos meios constitucionais. 

Quando rebentou a revolução de 6 de maio de 1846, José Passos tornou a ser eleito presidente da câmara municipal do Porto, e exercia esse cargo, quando se deu em Lisboa o golpe de Estado, conhecido pela Emboscada de 6 de outubro, para a restauração da Carta Constitucional. O administrador de Vila Franca comunicou a notícia para o Porto; a cidade ficou inquieta, mas ainda duvidosa, e só no dia 9 do citado mês de outubro, foi que teve a absoluta certeza do que se passara. Então José Passos, com uma energia assombrosa, dirigiu-se ao segundo comandante da guarda municipal Montenegro, chamou-o aos interesses da causa liberal, fez com que a guarda se pronunciasse, mandou tocar os sinos a rebate, disse a todos quantos encontrava no caminho que se resistia ao golpe de Estado, e que se não consentia que o duque da Terceira exercesse as funções de lugar-tenente da rainha nas províncias do norte, e depois de ter obtido a adesão do Regimento de Artilharia n.º 3 e do de infantaria n.º 6, dirigiu-se ao palácio do Governo Civil onde estava o duque da Terceira, e pediu-lhe urbanamente que se considerasse preso. O duque, sabendo que toda a guarnição do Porto estava pronunciada no sentido revolucionário, e que não tinha por conseguinte meio algum de resistência, aceitou tranquilamente a sua situação, que não deixava de ser perigosa, porque o povo exaltado ameaçara tirar vingança no duque do procedimento do governo de Lisboa. José Passos colocou-se então ao lado do duque, declarando que respondia com a sua vida pela vida dele. O povo exigia que o duque fosse preso para o castelo da Foz, José Passos desejava que ele reembarcasse para Lisboa, mas não aparecia barco nem escaler, e o duque foi o primeiro a reconhecer que se não podia seguir outro caminho senão o que o povo exigia, e nesse mesmo dia 9 de outubro se recolheu ao castelo da Foz. No dia seguinte o governador civil interino, António Xavier de Barros Corte Real, propôs à câmara a nomeação duma junta provisória do governo, junta que ficou assim organizada: presidente, conde das Antas; vice-presidente, José da Silva Passos; vogais: António Dias de Oliveira, Sebastião de Almeida e Brito, Justino Ferreira Pinto Basto, conde de Resende, barão de Lordelo, António Luís de Seabra, Francisco de Paula Lobo de Ávila. Organizaram-se logo outras juntas filiais em Guimarães, Barcelos, Viana do Castelo, Vila Real, Viseu, Castelo Branco, Guarda, Évora, Portalegre, Beja, Faro, Leiria, Santarém, Cascais, Palmela, Aveiro, Coimbra, Oliveira de Azeméis, Funchal, S. Miguel e Terceira. Organizado o governo da junta, José Passos encarregou-se das pastas da fazenda e da dos negócios estrangeiros, mas era ele verdadeiramente a alma da junta, e a ele se devem quase todos os prodígios que a junta operou. Os portuenses faziam todos os sacrifícios que se lhes pediam, quando José Passos lhes chamava patriotas, e lhes falava no bem da nação. Verdadeiro presidente da junta, porque o conde das Antas dirigia as operações militares, José da Silva Passos não hesitou diante das mais graves responsabilidades. Foi preciso levantar alguns empréstimos forçados, era sempre José Passos quem ia aos bancos, ás companhias ou só ou acompanhado por Justino Pinto Basto exigir o que era indispensável. Foram pequeníssimos os recursos levantados por esse meio, e contudo a junta levantou e teve em armas um exército numeroso, equipou uma pequena esquadra quase sem ter recursos tributários. Demais, muito infeliz militarmente, a junta precisava a cada instante estar reparando os seus desastres. O visconde de Sá da Bandeira, vencido em Valpaços, via passar ao inimigo dois dos seus melhores regimentos, e perdia um grande número de prisioneiros. Depois caiu em Torres Vedras prisioneira uma divisão toda de 4.000 homens, comandada pelo conde de Bonfim. As províncias do Minho e Trás-os-Montes, donde a junta do Porto podia tirar mais recursos, estavam também no poder do inimigo. Pois apesar disso, José Passos soube sempre apresentar a Francisco de Paula Lobo de Ávila, ministro da guerra, os recursos necessários para ele pôr em campo forças consideráveis. Como ministro dos negócios estrangeiros prestou também muitos serviços, protestando energicamente contra o procedimento do comandante do cruzeiro inglês, que aprisionou em 31 de maio a esquadra, que saíra do Porto deixando o conde das Antas com uma nova expedição; votou pela rejeição dos quatro artigos do Protocolo, na sessão de 5 de junho do mesmo ano. Este golpe foi mortal e decisivo. Desde o momento que a Espanha e a Inglaterra se tinham resolvido a intervir, em cumprimento do tratado da quádrupla aliança a causa estava imediatamente perdida. Apesar disso, José Passos infundia confiança em toda a gente, e ainda levava os patriotas do Porto a empreender qualquer acção heróica. Quase à vista do exército espanhol, comandado por Concha, repeliram as tropas da junta as avançadas de Saldanha, mas tudo isso era inútil, a junta estava condenada a entrar em negociações, e o convénio de Gramido assinado da parte da junta pelo marquês de Loulé e César de Vasconcelos a 29 de junho de 1847, e pela parte dos ingleses e espanhóis pelo general D. Manuel de la Concha, W. Wylde e Buenage, pôs termo a essa revolução, que durante nove meses dominou em todo o norte do país e assoberbou, apesar de sucessivos desastres militares, o poder e a guarnição do governo do reino. Pois fora José Passos quem fizera a revolução, tudo se devia à sua energia e à sua actividade. Terminada a luta, José Passos voluntariamente, como seu irmão, retirou-se entregando-se tranquilamente aos seus trabalhos e aos seus negócios, rodeado sempre da estima dos seus concidadãos e da maior popularidade. 

Em abril de 1851, quando o duque de Saldanha fez o seu pronunciamento, e desanimado por não encontrar no exercito a adesão que esperava, já se refugiara na Galiza, José Passos pôs-se em movimento, escreveu-lhe para que viesse ao Porto, dispôs os espíritos para se lhe preparar uma recepção condigna, e para o acompanharem no movimento que empreendia. Foi José Passos um dos que mais contribuíram para o êxito da Regeneração. Eleito deputado pela primeira vez, conservou-se, como seu irmão, muito afastado das lutas parlamentares. A sua saúde estava profundamente abalada, e por efeito de paralisia agravou-se-lhe de ano para ano, apagando-lhe a razão. Faleceu obscuramente. Foi casado com D. Ana Margarida Soares da Silva Passos. 

A seu respeito pode ver-se Apontamentos para a biografia do cidadão José da Silva Passos, por Alg. Sidney; Breve noticia biográfica, por Francisco José de Oliveira Luz: a Revista Contemporânea, de 1855; os jornais da época, e entre eles, e Comércio do Porto, O Jornal do Comércio, de 17 de novembro de 1863 e a Gazeta de Portugal, do mesmo dia. José da Silva Passes redigiu também o Eco Popular, de que foi proprietário, em 1817. Publicou: Carta dirigida aos honrados cidadãos da 3.ª companhia do batalhão nacional provisório do bairro de Santo Ovídio, Porto; tem a data de 23 de setembro de 1833, e a assinatura de José da Silva Passos, capitão da 1.ª companhia do mesmo batalhão.