Com a subida ao trono em 1788 dos príncipes, a carreira de Godoy, que nessa época ainda era Cadete, progrediu rapidamente. Em 1789 era coronel de cavalaria, em Fevereiro de 1791 marechal-de-campo, sendo já comendador da ordem de Santiago. Em Março desse mesmo ano era gentil-homem da Câmara, e em Julho foi promovido a tenente-general, recebendo entretanto o título de duque de Alcudia. Em 15 de Novembro de 1792, aos 25 anos, era nomeado primeiro-ministro, em substituição de Aranda.

Godoy começou por seguir uma política de neutralidade em relação à Revolução Francesa, tentando salvar a vida de Luís XVI, mas a condenação à morte deste, e a reacção de Carlos IV à execução do rei de França, provocaram a declaração de guerra à Espanha pela Convenção Francesa em Março de 1793.

Se a guerra começou bem para as armas espanholas, com a invasão dos Pirinéus Orientais em Abril de 1793, a verdade é que em finais de 1794 a França invadiu a Catalunha, tomando a fortaleza de Figueras em 25 de Novembro e Rosas em Fevereiro de 1795, e conquistando, a ocidente, em Julho, as províncias bascas com a tomada de Bilbao e Vitória. Perante tal descalabro Godoy assinou a paz de Basileia, em Julho de 1795, cedendo a ilha de São Domingos em troca das conquistas francesas em Espanha. O tratado valeu ao primeiro-ministro espanhol o título de Príncipe da Paz.

Em 18 de Agosto de 1796 por meio do Tratado de Santo Ildefonso, Godoy aliou-se à França e declarou a guerra à Inglaterra. A resposta britânica não se faz esperar e a frota espanhola foi destruída, em Fevereiro de 1797, na batalha do Cabo de São Vicente, com a ajuda de uma fragata portuguesa que avisou o almirante Jervis, futuro Lord St. Vincent, da localização da frota espanhola.

Em 2 de Outubro de 1797, não se tendo verificado a tão esperada a invasão franco-espanhola, D. João concedeu-lhe o título de conde de Évora Monte.

Em Março de 1798 foi obrigado a demitir-se de todos os cargos, segundo parece devido à sua política em relação a Portugal, mas não perdeu influência junto do Rei. Regressou em Março de 1801, com o apoio do novo primeiro Cônsul francês, Napoleão Bonaparte, com quem assinou o 2.º Tratado de Santo Ildefonso, no dia 1 de Outubro. Por este tratado, a Espanha obrigava-se a utilizar a sua frota para desbloquear Malta e repatriar o exército francês do Egipto. Entretanto, foi nomeado comandante-chefe do Exército que atacou Portugal em Maio, após a declaração de guerra de 27 de Fevereiro anterior.

O ataque parece ainda hoje ter sido um sucesso, devido à fácil conquista de algumas fortalezas insignificantes na fronteira alentejana. O exército espanhol tendo-se dirigindo-se posteriormente para a linha do Tejo, por Portalegre, que ocupou, mas não tendo conseguindo conquistar Elvas e tendo muita dificuldade em conquistar Campo Maior, não podia continuar a invasão de Portugal sem a ajuda do Exército francês, estacionado em frente da Beira, em Ciudad Rodrigo. Tal situação levou Godoy, que não desejava um exército francês estacionado em Espanha durante muito tempo, a assinar rapidamente a paz, por meio do Tratado de Badajoz. Conseguiu ficar com Olivença, mas não realizou o que tinha contratado com a França bonapartista - a ocupação das três províncias do Norte de Portugal - Minho, Trás-os-Montes e Beira -, para poder negociar com a Grã-Bretanha a devolução das ilhas Minorca (Mahon), uma das Canárias, e da Trindade, nas Antilhas, ambas espanholas, e de Malta, no Mediterrâneo.

Na verdade, a vitória de Godoy foi uma vitória dura de consequências, já que esta pequena vila alentejana não compensou a Espanha da perda da ilha da Trindade, facto que foi obrigada a  aceitar por Napoleão Bonaparte quando este  assinou o Tratado de Amiens com a Grã-Bretanha, em Março de1802. Godoy foi responsabilizado por este desenlace, tendo-se começado a criar em torno do sucessor ao trono, o futuro Fernando VII, um partido que se opunha ao primeiro ministro espanhol. É que à ilha da Trindade juntava-se à perda, em 1795, da parte espanhola da ilha de São Domingos (a actual República Dominicana), cedida à França, e à entrega, a este mesmo país em 21 de Março de 1802, da Luisiana americana, para além dos barcos de guerra que teve que entregar, pelas mais variadas razões - tratados e transferências de territórios insignificantes para a família italiana. As perdas espanholas durante as guerras da revolução, de 1793 a 1802, tinham sido de facto enormes.

Com o reacender da guerra entre a França e  Grã-Bretanha, em 1803, a Espanha, que se tentou manter neutral, foi empurrada para a guerra pelas duas potências em conflito, o que acabou por acontecer em Dezembro de 1804. Mas, mais uma vez, a guerra não correu bem, e em Outubro de 1805, a já enfraquecida frota espanhola, foi destruída na batalha naval ao largo do cabo Trafalgar, perto de Cádiz. Sem frota, a Espanha perdia completamente o controlo das suas colónias americanas, que se tornaram de facto independentes. A sobrevivência política de Godoy estava, cada vez mais, dependente da vontade de Napoleão Bonaparte. Mesmo assim tentará manter a Espanha fora dos conflitos da França, o que o levará a manter conversações secretas com as cortes britânica e russa, e a divulgar a estranha  proclamação de Outubro de 1806, de apoio à Prússia, em guerra com a França, mas em que se fala sobretudo das qualidades do cavalo andaluz! 

Napoleão resolveu rapidamente o problema com  a Prússia, e bastante mais dificilmente com a Rússia, e, após a assinatura dos Tratdos de paz em Tilsit, tendo decidido obrigar Portugal a fechar os portos ao comércio britânico, obrigou a Espanha a participar na invasão do país, sendo Godoy  aliciado com o futuro Principado dos Algarves, território a criar com a províncias portuguesas do Alentejo e do Algarve. Carlos IV, o rei de Espanha, pai de Carlota Joaquina, futura rainha de Portugal, foi aliciado com a criação do reino da Lusitânia-Setentrional, a formar com a província do Minho, e tendo por capital o Porto, para a rainha viúva da Etrúria, a infanta de Espanha Maria Luísa, sua filha.

A política internacional da Espanha, centrada em Itália, era uma balbúrdia. Ou como Luís Pinto de Sousa, o ministro dos negócios estrangeiros português da época  lhe chamou - um «turbilhão».Para que o duque de Parma D. Fernando, irmão da rainha de Espanha Maria Luísa, não perdesse a sua coroa, Carlos IV e Godoy conseguiram que a França desse ao duque o grão-ducado da Toscânia. Este território tinha sido retirado em 1797 por Napoleão a um príncipe Habsburgo, irmão de Maria Carolina de Nápoles, casada com Fernando IV, rei de Nápoles, irmão mais novo de Carlos IV. Para que, no meio destas confusas relações familiares, todas as transferências se realizassem os governantes espanhóis deram a Napoleão a Luisiana. Fernando, o último duque de Parma da dinastia Bourbon, morreu em Agosto de 1801 sem ter tomado posse da Toscânia, sendo o filho quem abdicou do ducado de Parma e tomou posse do Reino da Etrúria, em que tinha sido transformado entretanto o Grão-Ducado da Toscânia. Luís, que era casado com a sua prima direita, a infanta Maria Luísa de Espanha, filha de Carlos IV, morreu em 27 de Maio de 1803, deixando como sucessor um filho com menos de 2 anos de idade, Carlos, que foi desapossado da Etrúria em 10 de Dezembro de 1807. Foi para que a filha não deixasse de ser rainha, que Carlos IV lhe conseguiu o reino da Lusitânia-Setentrional, com territórios retirado à sua filha primogénita a princesa Carlota Joaquina, casada com o Príncipe Regente, o futuro rei de Portugal, D. João VI. A política de Espanha não agradava a ninguém. Dava territórios, navios, soldados a Napoleão Bonaparte e em troca não conseguia ficar com nada. Em Maio de 1808 só os Bourbons de Nápoles (o nome correcto era das Duas-Sicílias) se mantinham como casa reinante, governando a Sicília, devido unicamente e simplesmente ao apoio da Grã-Bretanha.

Em Novembro de 1807, de acordo com o Tratado de Fontainebleau, de 27 de Outubro, que regulou a conquista e a divisão de Portugal, assim como as obrigações mútuas da França e da Espanha, três divisões espanholas apoiaram o exército de Junot, na invasão de Portugal. Uma divisão, vinda da Galiza, ocupou o Minho e o Porto; uma segunda entrou em Portugal pela Beira Baixa e dirigiu-se, atrás do exército francês para Lisboa, e a terceira, comandada pelo general Solana, marquês do Socorro, amigo de Godoy, invadiu o Alentejo, ocupou Elvas e Évora, entre outras localidades, e dirigiu-se para Setúbal.

Mas a vida na corte espanhola estava longe de estar segura. O príncipe Fernando tinha enviuvado em Maio de 1806, e era preciso arranjar-lhe uma nova mulher. Godoy desejava que o casamento se realizasse no interior da família real espanhola. Fernando e o seu preceptor desejavam casar com uma princesa da família Bonaparte, que se pensou poder vir a ser uma das filhas de Luciano, embaixador em Madrid na época do Consulado, porque o príncipe queria substituir Godoy como o aliado preferido de Napoleão na corte de Madrid. Os primeiros contactos do preceptor de Fernando com o embaixador Francês deram-se em Junho de 1807. Mas o primeiro ministro espanhol, em finais de Outubro de 1807, no meio da confusão provocada pela entrada do exército francês comandado por Junot em Espanha, e dos preparativos de entrada em campanha do exército espanhol, conseguiu novamente o apoio de Carlos IV, provando-lhe que havia um plano para o derrubar e obrigar o rei a abdicar. O rei mandou prender o filho, que ficou retido nos seus aposentos, e deu estas notícias e informou das suas decisões à corte reunida no Escorial. A resolução da Conspiração do Escorial fez com que o rei perde-se o pouco de credibilidade que lhe restava, e acabou por reforçar o partido fernandino.

De facto, em Março de 1808, por motivo de um motim popular contra Godoy, organizado em Aranjuez pelos amigos de Fernando, o príncipe conseguiu que o pai demitisse o favorito, o que aconteceu em 18 de Março, e mais tarde, conseguiu mesmo a abdicação do próprio rei. Mas Napoleão Bonaparte tinha que aprovar este golpe de estado já que, desde a entrada de Junot em Espanha em Outubro de 1807, não deixava de fazer entrar tropas na Península. Tropas que entraram em Madrid em 23 de Março, sob o comando de Murat.

Napoleão Bonaparte decidiu-se pela substituição da dinastia Bourbon pela sua própria família, colocando no trono espanhol o irmão mais velho, José, rei de Nápoles desde Março de 1806, o que aconteceu em 6 de Junho de 1808. Convocou a família real espanhola, assim como algumas personalidades importantes, em que se incluía Godoy, para Baiona, cidade francesa na fronteira franco espanhola, e após algumas entrevistas entre o imperador e a família real espanhola, conseguiu a abdicação de Fernando, confirmando a de Carlos IV.

A família real espanhola foi enviada para um exílio degradante. Depois de Valençay, palácio do antigo ministro de Napoleão, Talleyrand, com a abdicação de Napoleão em 1814, foram para Roma tendo  Godoy acompanhou os reis, tendo vivido no Palácio Barberini com o Carlos VI até à morte deste, o que aconteceu em 1819. Foi então viver para Paris, onde sobreviveu obscuramente com uma pequena pensão do governo francês. Fernando VII tinha sido libertado em 1814, tendo ido ocupar o trono vago pela abdicação do pai e o abandono de José Bonaparte. 

Em 1849 Isabel II, filha de Fernando VII, restituiu-lhe os títulos e algumas propriedades, confortando-lhe assim os últimos anos vida.

Tinha casado em 1797 com Maria Teresa de Borbon y Vallariga (1780-1828), condessa de Chichón, filha do casamento morganático mas reconhecido do infante Filipe de Espanha, de quem teve uma filha, Carlota. Parece que se casou segunda vez com a sua amante desde 1796 , Pepita Tudó (1779-1869), feita condessa de Castillofiel.