Nasceu no Rio de Janeiro a 1 de setembro de 1863, sendo descendente duma família de liberais, que no período das lutas civis teve de emigrar. 

Veio para Portugal e foi educado em Lisboa, indo depois para o Porto, onde, dedicando-se ao jornalismo, entrou em 1883 para a redacção do Primeiro de Janeiro. Naquele jornal começou logo a manifestar dum modo notável as suas brilhantes qualidades literárias, imprimindo na secção de noticiário a feição toda moderna, e fazendo da reportagem até aí a cargo de localistas banais, uma secção cheia de interesse, de pitoresco e de brilho. Depois de permanecer alguns anos naquela redacção, veio para Lisboa com a ideia de montar um jornal republicano, e colaborou então no Tempo, Correio da Noite, e no Dia. O jornal que intentava fundar foi a Republica portuguesa, onde muito se distinguiu na polémica política vigorosa contra as instituições, pela veemência da argumentação, e pela forma artística que dava aos seus artigos, ainda os mais violentos. 

Em 1890, em seguida ao Ultimatum de Inglaterra de 11 de janeiro, que promoveu em todo o país uma profunda agitação, escreveu com a sua reconhecida energia uma série de artigos sobre o assunto. A sua atitude de jornalista envolveu-o naturalmente em alguns processos, de que lhe resultou ser preso na Relação, e por um desses processos foi condenado, em 26 de janeiro de 1891, a dez dias de prisão, sentença que estava ainda cumprindo quando no dia 31 desse mês rebentou a revolta no Porto. Como a sua atitude na República Portuguesa fosse de ataque violento, e nalguns artigos apelasse para a intervenção do exército como o meio mais rápido de vingar o insulto que a nação recebera de Inglaterra, expiados os dez dias da sentença, continuou ainda preso na relação, come cúmplice da revolta e um dos seus principais promotores, sendo como tal julgado nos conselhos de guerra que funcionaram em Leixões, e condenado a quatro anos de prisão celular, ou na alternativa, a seis de degredo. Em 20 de setembro do 1891 embarcou a bordo do transporte Índia, que estava fundeado em Leixões, sendo conduzido pela polícia à estação das Devezas, partindo à noite no comboio para Lisboa. Veio desembarcar na estação dos Olivais, partindo dali num trem com o comissário de polícia, então o sr. Pedroso de Lima, entre guardas. Chegando ao Cais dos Soldados passou o preso para um escaler a vapor do arsenal, guarnecido por marinheiros armados e comandado por um oficial de marinha. O escaler atracou pouco depois ao vapor S. Tomé, e cujo comandante o preso foi confiado, para que ele o entregasse às autoridades de Moçamedes. O vapor largou ferro no dia 20 de setembro de 1891. 

Em África tentou pôr em prática um plano de evasão, já antecipadamente estudado, mas falhou essa tentativa, conseguindo, porém, mais tarde, em 1 de novembro, realizar esse audacioso projecto, fugindo para Paris, onde chegou, após várias peripécias, que ele narra no seu curioso livro Trabalhos forçados, a 15 de janeiro de 1892. Levado pelo seu espírito irrequieto e audacioso, que ainda nos momentos mais graves, se manteve sempre na mais perfeita serenidade, aventurou-se em fevereiro seguinte, a entrar em Portugal clandestinamente, estando uns dias no Porto sem a polícia nada saber. Em setembro do mesmo ano tentou novamente vir ao Porto, mas dessa vez teve a infelicidade de ser descoberto e preso numa casa da rua de Santo Ildefonso, onde um amigo íntimo o recebera. Sendo novamente conduzido para África a cumprir o degredo, foi encarcerado na fortaleza de S. Miguel, e ali permaneceu até 1893, regressando então a Portugal, em virtude da amnistia decretada para os então criminosos políticos da classe civil. Continuou a viver no Porto, onde sempre foi muito estimado. Os trabalhos sofridos nem o alquebraram nem o desalentaram, e chegando a Portugal, publicou em 1893 e 1894 os Panfletos que foram logo querelados, e em 1897 e 1898, o jornal A Marselhesa, que igualmente foi querelado e muitas vezes apreendido. Tendo de responder por vários processos de querela emigrou para Madrid, explicando os motivos que o levaram a proceder desse modo, redigindo daquela capital o País, cuja direcção assumiu em 1898, quando o redactor principal Alves Correia foi obrigado a sair por causa da enfermidade que, pouco depois, o levou à sepultura. Quando estava cumprindo sentença em África, foi proposto deputado por acumulação, reunindo em todo o país uma grande votação. 

João Chagas foi um dos fundadores da Associação dos Jornalistas e Homens de Letras do Porto, e tem escrito e publicado as seguintes obras: Diário dum condenado político; Na brecha; De bond; Crime da Sociedade; desta obra só uma parte lhe pertence; pois teve de interromper o seu trabalho durante o tempo em que permaneceu em Madrid, de 1898 a 1899; Trabalhos forçados; História da Revolta do Porto, tendo por colaborador Manuel Maria Coelho. Traduziu a Mártir de D'Ennery, primeiramente publicada em folhetins no Primeiro de Janeiro, e a prosa da opereta Os Bandidos, de Offenbach, que se representou no Teatro do Príncipe Real do Porto. 

Na revolta projectada de 28 de janeiro de 1908, que ficou malograda, também o sr. João Chagas esteve envolvido, o que lhe valeu ser preso a encarcerada no quartel dos Paulistas, donde saiu depois do assassínio do rei D. Carlos e do príncipe real D. Luís Filipe, em 1 de fevereiro, e da queda do ministério João Franco. Mais tarde, pela amnistia concedida aos prisioneiros políticos, ficou completamente livre, prosseguindo na sua vida de jornalista a de escritor, sendo um dos membros mais importantes do partido republicano.