Filho de D. Maria I e de D. Pedro III, casou em 1785 com D. Carlota Joaquina, Infanta de Espanha, filha de Carlos IV e de Maria Luísa de Parma.

A partir de 1792, assegurou a direcção dos negócios públicos, devido à doença mental da mãe, primeiro em nome da rainha, a partir de 1799, em nome próprio com o título de Príncipe Regente, sendo aclamado rei em 1816. O seu reinado decorre numa época de profundas mutações à escala mundial e à escala nacional: Revolução Francesa e a consequente guerra europeia, Bloqueio Continental, campanha do Rossilhão, guerra com a Espanha e a perda de Olivença, invasões francesas, fuga da corte para o Brasil onde permaneceu durante 14 anos, revolução liberal e a independência do Brasil. Foi a derrocada de um mundo e o nascimento de outro, mudança que D. João VI não quis ou não soube compreender. 

Fugindo para o Brasil perante a invasão de Junot, o monarca terá querido manter a colónia brasileira em poder de Portugal. Isto significou, no entanto, a dependência em relação à Inglaterra, com a imposição da abertura dos Portos brasileiros ao comércio internacional e com o tratado anglo-luso de 1810, desastroso para a economia metropolitana. Além disso, a presença da corte no Brasil impulsionou a independência deste país, o que se veio a verificar em 1822.  

Em 1821 o rei é forçado a regressar a Portugal, devido ao triunfo da revolução de 1820 e, em 1822, jura a constituição, que vigoraria apenas durante alguns meses. Seguem-se a Vila-Francada em 1823 e a Abrilada em 1824, movimentos absolutistas encabeçados por D. Miguel.

Vencido e expatriado D. Miguel, D. João VI consagra os últimos anos do seu reinado a tentar resolver o problema brasileiroe, por altura da sua morte, em 1826, sonhava ainda com a reunião dos dois países na pessoa de um só soberano, sem se aperceber que o Brasil teria de seguir o seu destino americano e Portugal o seu destino europeu.

Ficha genealógica:

D. João VI nasceu em Lisboa, a 13 de Maio de  1767, recebendo o nome de João Maria José Francisco Xavier de Paula Luís António Domingos Rafael, e faleceu no Palácio da Bemposta, na mesma cidade, a 10 de Março de 1826, estando sepultado no Mosteiro de São Vicente de Fora.

Casou em 1785 com D. Carlota Joaquina, que nasceu em Aranjuez, a 25 de Abril de1775, e faleceu no Palácio de Queluz, a 7 de Dezembro de 1830, estando sepultada no mesmo Panteão. Era filha de Carlos IV, rei de Espanha, e de Maria Luísa Teresa de Parma.

Do casamento nasceram:

1. D. Maria Teresa. Nasceu no Palácio da Ajuda, a 29 de Abril de 1793 e faleceu em Trieste a 17 de Janeiro de 1874.Casou em 13 de Maio de 1810, no Rio de Janeiro, com o seu primo D. Pedro Carlos António de Bourbon e Bragança, que faleceu em 26 de Maio de 1812; e, em segundas núpcias, em 1838, com o seu cunhado e tio, o infante D. Carlos Maria Isidro, duque de Madrid e conde de Montemolin e Molina, que em 1834 enviuvara da infanta D. Maria Francisca de Assis (ver 5.)

2. D. António Pio. Nasceu no Palácio de Queluz, a 21 de Março de 1795, foi príncipe da Beira e faleceu a 11 de Junho de 1801;

3. D. Maria Isabel. Nasceu no Palácio de Queluz, a 19 de Maio de 1797, faleceu em Madrid a 29 de Novembro de 1818, estando sepultada no Mosteiro de Escorial. Casou em 1816 com o rei D. Fernando VII de Espanha, seu tio, que já enviuvara de D. Maria Antónia de Bourbon y Lorena, princesa de Nápoles;

4. D. Pedro IV, que sucedeu no trono;

5. D. Maria Francisca de Assis. Nasceu no Palácio de Queluz, em 22 de Abril de 1800, faleceu em Gosport, em Inglaterra, a 4 de Setembro de 1834, estando sepultada na capela-mor da igreja católica da mesma cidade inglesa. Casou em 1816, com o seu tio, D. Carlos Maria Isidro, infante de Espanha, falecido em 1815;

6. D. Isabel Maria. Nasceu no Palácio de Queluz, a 4 de Julho de 1801; faleceu em Benfica, a 22 de Abril de 1876, estando sepultada no Panteão de S. Vicente de Fora. Nunca casou, tendo sido regente do reino, de 6 de Março de 1826 a 26 de Fevereiro de 1828. Após a vitória da causa liberal manteve-se afastada da vida política;

7. D. Miguel, infante, regente do Reino de 1826 a 1828 e depois rei, de 1828 a 1834, que segue;

8. D. Maria da Assunção. Nasceu no Palácio de Queluz, a 25 de Junho de 1805; faleceu em Santarém a 7 de Janeiro de 1834; sepultada na Igreja do Milagre, de Santarém, e depois no Panteão de São Vicente de Fora.

9. D. Ana de Jesus Maria. Nasceu no Palácio de Mafra, a 23 de Outubro de 1806, e faleceu em Roma, em 22 de Junho de 1857.  Casou em 5 de Dezembro de 1827 com o 2.º marquês de Loulé.